MBR 膜の定期的なメンテナンスには、通常、1 時間から 1 日ごとの継続的な管理が必要です。たとえば、膜表面にスラッジが蓄積するのを防ぐために、曝気システムは 1 日 24 時間稼働する必要があります。安定した膜流束を維持するために、運転中に定期的なオンライン逆洗が通常数分から数十分ごとに実行されます。この段階は継続的なメンテナンスであり、ダウンタイムは発生しません。
定期メンテナンスは通常、毎週から毎月行われます。集中的な逆洗または修復洗浄は、徐々に蓄積した有機汚染物質や粒子の詰まりを除去するために、約 1 ～ 4 週間ごとに実行されます。水質が悪い場合や負荷が高い場合には、膜間差圧（TMP）の継続的な上昇を防ぐため、メンテナンスの頻度が高くなります。
徹底したメンテナンスと化学洗浄は、通常 3 ～ 6 か月ごとに実行されます。化学洗浄 (CIP) では、次亜塩素酸ナトリウムやクエン酸などの薬剤を使用して、不可逆的な汚染物質を除去します。システムの動作条件が良好な場合、サイクルは 6 ～ 12 か月、またはそれ以上に延長される場合があります。合理的なメンテナンス サイクルにより、膜バイオリアクターの寿命を大幅に延長し、安定した排水性能を維持できます。